Den ersten nachweislichen Betrieb auf Zillingdorfer Boden gab es ab 1819.
1830 gelangte der Bergbau in den Besitz des Alois Miesbach. Unter ihm und später unter seinem Erben Heinrich Drasche erlebte der Bergbau eine erste Blütezeit. Kohlengruben befanden sich nicht nur an der Stelle des heutigen Ortsteiles Zillingdorf-Bergwerk, sondern auch beim Zillingdorfer Wald. Die Kohle gelangte über den Wiener Neustädter Kanal in die Ziegeleien des Alois Miesbach in Inzersdorf. Auch vor Ort kam es bereits im 19. Jahrhundert zur Ziegelproduktion.
In den 1870er Jahren, nach Verlust der Pachtrechte am Wiener Neustädter Kanal, gab Heinrich Drasche die Kohlenförderung in Zillingdorf auf. Um die Jahrhundertwende war es um das Bergwerk ruhig geworden. Erst 1912 wurde der Betrieb im großen Umfang wieder aufgenommen. Die Wiener Städtischen Elektrizitätswerke erwarben das Zillingdorfer Braunkohlewerk. Hier wurde, ebenso wie in Neufeld, Kohle abgebaut um damit im neuerrichteten Elektrizitätswerk in Ebenfurth Strom zu erzeugen. Mittels der 1916 fertig gestellten Fernleitung konnte somit die Gemeinde Wien mit Strom versorgt werden.
Besonders in den 1920er Jahren erlebte das Zillingdorfer Werk seine große Blütezeit. In zwei Tagbauen und einem Grubenbau wurde von bis zu 2000 Arbeitern Kohle gewonnen. Aus dieser Zeit stammen auch die ältesten Gebäude des heutigen Ortsteiles Zillingdorf-Bergwerk.
1931 musste das Bergwerk aus wirtschaftlichen Gründen stillgelegt werden. Heute befinden sich an der Stelle der beiden Tagbaue, bedingt durch den erfolgten Wassereintritt, zwei Badeseen.